IAI Al Hikmah Tuban berdiri pada tahun 2010, dengan nama awal Sekolah Tinggi Agama Islam Al Hikmah Tuban. STAI Al Hikmah Tuban resmi menyelenggarakan Pendidikan tinggi berdasarkan izin operasional dari Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam, Kementerian Agama RI, nomor Dj.I/362/2010, yang bertanggal 10 Juni 2010. Prodi PIAUD lahir dibawah naungan pondok pesantren Al Hikmah Tuban. Nilai-nilai dasar yang dipegang teguh adalah Trilogi Pesantren Al Hikmah Tuban memuat tiga tautan nilai yaitu: Beriman dan Bertaqwa, Berilmu dan Beramal, Berjuang dan Bernegara.
Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD) dimulai pada tahun 2015, berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Nomor 1853/2012 tanggal 28 September 2012, yang pada waktu itu menggunakan nomenklatur Program Studi Pendidikan Guru Raudhatul Athfal (PGRA).
Mulai tahun 2017 menggunakan nomenklatur Program Studi Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD) berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1517 Tahun 2017 tentang Penyesuaian Nomenklatur Program Studi pada IAI Al Hikmah Tuban.